غیبت احمدی‌نژاد در جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام از دیگر حاشیه‌های رییس دولت‌های نهم و دهم است. بعد از تنفیذ رییس‌جمهور دولت یازدهم، محمود احمدی‌نژاد با حکمی از سوی رهبری به عضویت در مجمع تشخیص مصلحت نظام منصوب شد اما تاکنون وی حاضر نشده در مجمعی حضور داشته باشد که ریاست آن را آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی بر عهده دارد.